Quan hệ tình dục qua đường hậu môn (anal sex) là phương thức được ưa chuộng của giới đồng tính luyến ái nam. Nó có nguy cơ gây bệnh cao nhất (HIV/AIDS và các bệnh truyền nhiễm khác) khi được thực hiện giữa hai người đàn ông với nhau, nhất là nếu hậu môn và trực tràng có vấn đề.
Âm đạo và hậu môn có cấu tạo khác nhau về phương diện mô học, thần kinh và cơ thể học. Một bên là cơ quan sinh dục, một bên là cơ quan bài tiết. Hậu môn là phần cuối của ruột già, có chiều dài không quá 5 cm, kết nối với phần cuối của đại tràng. Chức năng chính của đại tràng là tái hấp thu nước từ thức ăn đã qua xử lý ở dạ dày, để khi đến hậu môn sẽ chuyển thành phân.
Ống hậu môn được cấu tạo bằng hai loại cơ vòng. Lớp cơ trong là một phần của thành đại tràng và là loại cơ vô cảm. Cơ vòng ngoài nằm dưới lớp bì hậu môn, có nhiều sợi thần kinh cảm giác và vận động, giúp giữ chặt phân và hơi có trong trực tràng. Nó cũng sẽ tự động co lại khi có vật lạ từ bên ngoài xâm nhập hậu môn. Phản xạ này nằm ngoài khả năng kiểm soát của ý chí. Lỗ hậu môn chỉ mở ra khi có một áp lực đè ấn liên tục hoặc có nhu cầu đi đại tiện. Ống hậu môn còn có một hệ thống mạch máu và thần kinh rất phong phú. Các tĩnh mạch ở trong vách hậu môn thường phình giãn tạo nên những búi trĩ.
Nếu giao hợp bằng đường hậu môn, bao cao su rất dễ rách vì hậu môn không thể tự tiết ra chất nhờn giống như âm đạo. Vì vậy những người quan hệ tình dục kiểu này thường phải dùng chất bôi trơn. Tuy Chất này có thành phần dầu nên có thể gây nhiễm khuẩn. Ngoài ra, nhiều loại dầu hoặc kem bôi trơn chứa các chất phụ gia và tạo mùi, gây khó chịu, dị ứng cho người sử dụng.
Ngoài ra, những người quan hệ tình dục qua đường hậu môn còn gặp nhiều nguy cơ khác:
Chảy máu hậu môn: Nhất là khi hậu môn đã có một vết rách xuất phát từ bệnh trĩ.
Đau: Đau xảy ra gần như trong suốt quá trình quan hệ tình dục. Nguyên nhân là các cơ bị co thắt; sự cọ xát làm tổn thương niêm mạc hậu môn hoặc rách cơ. Đau cũng có thể là dấu hiệu của một bệnh truyền nhiễm. Cơn đau xuất hiện ngay lập tức hoặc một vài ngày sau khi quan hệ.
Rách ruột: Là một tai biến ít gặp nhưng vẫn có thể xảy ra, nhất là trong trường hợp dùng thêm dụng cụ hỗ trợ. Rách ruột dẫn đến viêm phúc mạc - một tình trạng bệnh lý ngoại khoa khẩn cấp cần can thiệp phẫu thuật sớm, nếu không có thể dẫn đến tử vong.
Bệnh truyền nhiễm: Quan hệ tình dục qua đường hậu môn là con đường dễ dẫn đến lây lan các bệnh truyền nhiễm nhất. Sẽ khó phát hiện nếu như mầm bệnh nằm trong ổ bụng chứ không phải ngay trên dương vật. Một nghiên cứu vào năm 1987 cho thấy, việc thực hành anal sex với một bạn tình sẽ làm tăng gấp 3 nguy cơ nhiễm bệnh. Nếu quan hệ với 5 bạn tình trở lên thì nguy cơ sẽ tăng 18 lần. Ngoài ra, virus HIV cũng rất dễ phát tán khi quan hệ tình dục bằng đường hậu môn.
Nhiễm virus HPV: Đây là loại virus lây lan qua đường hậu môn và là nguyên nhân gây ung thư trực tràng.
Nhiễm viêm gan A: Là nguyên nhân gây vàng da, đau bụng, đôi khi dẫn đến tử vong.
Nhiễm E.Coli: Vi trùng này là nguyên nhân gây tiêu chảy, nhiễm trùng đường tiết niệu như viêm thận, viêm bàng quang, nhiễm trùng huyết.
Ngoài ra, quan hệ tình dục bằng đường hậu môn còn là nguyên nhân gây lây nhiễm các bệnh như herpes, lậu, giang mai, sùi mào gà, nấm và ký sinh trùng...